Das Malteser Krankenhaus St. Johannes gehört zum Verbund der Malteser Krankenhäuser, Altenhilfeeinrichtungen, sozialen Dienste und stationären Hospize in Deutschland.
Muttergesellschaft für die institutionellen Einrichtungen der Malteser ist die MTG Malteser Trägergesellschaft gGmbH mit Sitz in Köln. In der MTG sind auch zentrale Dienste wie Leistungsentwicklung, Personalwesen, Qualitätsmanagement und Presse- und Öffentlichkeitsarbeit gebündelt. Die Trägerschaft der Malteser Häuser in Sachsen und Brandenburg liegt in der Malteser Betriebsträgergesellschaft Sachsen gGmbH, einer regionalen Tochtergesellschaft der MTG.